System alchemii określa, w jaki sposób działają wszystkie preparaty alchemiczne, jak zdobywa się składniki oraz jak przyrządzać z nich mikstury.

W Mongolian Mercenaries alchemicy (nazwijmy tak Graczy zajmujących się alchemią) mogą wykonać kilka rodzajów preparatów. Są to mikstury, maści i inne (tu zaliczają się np. bandaże czy środki do konserwacji sprzętu). Mikstury można wypić, podać sojusznikowi, zatruć nimi broń lub rzucić w przeciwnika (jeśli posiadają odpowiedni efekt). Są jednorazowego użytku, a czas ich trwania jest określony i zależy od umiejętności Gracza. Maści także są jednorazowego użytku, lecz raz wykorzystane działają do końca bitwy. Każdy preparat wymaga odpowiednich składników i odpowiednio wysokiego poziomu umiejętności Alchemia Gracza. Siła mikstur zależy od umiejętności wytwarzającego miksturę, a nie używającego jej. Każda z mikstur posiada pewien efekt. By ją przyrządzić, potrzebne są dwa dowolne składniki o tym samym efekcie, lub dwie sztuki tego samego składnika, jeżeli jego efekt się powtarza. By przyrządzać mikstury z większej ilości składników niż dwa, lub przyrządzać preparaty o kilku efektach, Gracz musi posiadać odpowiedni Talent (np. Zaawansowaną Alchemię, kiedy gra Alchemikiem). Wyjątkiem jest pula efektów pomocniczych, które mogą współistnieć z innym efektem bez specjalnych ograniczeń, jednakże do jednego efektu głównego może działać tylko jeden efekt pomocniczy (tzn. bez Talentu nie da się stworzyć np. Lotnej Nalewki). Każdą miksturę bez efektu Lotności można użyć na broni. Mikstura (lub maść) staje się wtedy zatruta co oznacza, że podczas kolejnego ataku tą bronią zadziała na przeciwnika. Efekty tak użytych mikstur (trucizn) działają do końca bitwy lub do momentu skorzystania z odtrutki.

Każdy składnik posiada dwa efekty. Połączenie dwóch składników o tym samym efekcie pozwoli przyrządzić miksturę o danym efekcie, jeżeli poziom Alchemii Gracza jest wystarczająco wysoki. Każdy efekt charakteryzuje się swoistym działaniem. Efekty dzielą się na podstawowe i pomocnicze. Efekty podstawowe można łączyć dopiero posiadając odpowiednie Talenty, podczas gdy efekt pomocniczy można dodać do efektu podstawowego (ale tylko jeden na miksturę, chyba że posiada się odpowiedni talent). Nie da się stworzyć mikstury o samych efektach pomocniczych.
Efekty podstawowe:

Efekty pomocnicze: